Во время археологических раскопок в местонахождении города были обнаружены следы кельтских строений приблизительно 1000 года до нашей эры. Первые документальные свидетельства о городе датируются 704 годом.
741: образовано Вюрцбургское епископство, существующее и поныне и оказавшее огромное влияние на историю города.
1127: первый рыцарский турнир на немецких землях.
1156: свадьба Фридриха I Барбароссы с Беатрикс Бургундской.
1168: епископ Герольд получает от Фридриха I Барбароссы титул герцога.
1402: основан Вюрцбургский университет
1626—1630: Вюрцбург — столица Охоты на ведьм. Было сожжено около 900 ведьм.
1720—1744: Строительство Вюрцбургской резиденции епископа, включённой в Список Всемирного наследия ЮНЕСКО.
1817: Вюрцбург становится столицей Баварской области Нижняя Франкония
1892: Открыта первая линия Вюрцбургского трамвая.
1895: Вильгельм Конрад Рентген открывает названные его именем лучи.
16 марта 1945: город практически полностью разрушен в результате налета британской авиации.

Центром старого города является кафедральный собор, в котором сохранились гробницы двух вюрцбургских епископов, созданные знаменитым скульптором и резчиком по дереву и резчиком Тильманом Рименшнайдером. К северу от собора можно увидеть построенную в стиле барокко церковь – ротонду Neumünsterkirche с усыпальницей апостола Франконии Св. Килиана, а также двух его сподвижников Св. Колоната и Св. Тотнана – христианских мучеников, убитых в Вюрцбурге в конце 7 века.

Вюрцбургский университет Юлиуса-Максимилиана (нем. Julius-Maximilians-Universität Würzburg) — один из старейших университетов Германии. В 2007—2008 учебном году более 20 тысяч студентов (из них 58 % женщин). Бюджет около 250 миллионов евро. Член Коимбрской группы.

10 факультетов: католической теологии, юридический, медицинский, философский I (история, философия, культурология), философский II (философия, психология, педагогика, социология), биологический, химико-фармацевтический, математики и информатики, физики и астрономии, экономический.